The frightening thing is the rate at which it is increasing.

好,这个句子我们来划分成分：简化的说,应该是The frightening thing is the rate.到这里句子就是完整的.后面的成分就是对 the rate的定语从句.那么现在主句我们没有问题了,单看从句.
从句which指的就是rate.那么就是说：It is increasing at the rate.显然,如果,没有It的话,从句就缺少成分.而这里的It就是指污染的速度.翻译过来就是污染的速度一直增加.
你的这个句子应该是一段话挑出来的吧!所以要结合上下文理解.

The frightening thing is the rate at which it is increasing.
这句是which引导的宾语从句，如果不用it的话，那么宾语从句就缺少主语了。 it is increasing.是从句it做主语