用MRNA设计引物时,如何考虑真核生物中的内含子序列.

guoyinping00 1年前 已收到1个回答 我来回答 举报

sudan8778 春芽

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如果设计在内含子序列中,RT-PCR检测到的可能是未被剪切的preRNA或RNA中污染的核DNA,
如果设计在外显子序列中,RT-PCR检测到的可能是成熟mRNA,未被剪切的preRNA或RNA中污染的核DNA
如果设计在外显子序列中且跨一个内含子,RT-PCR检测到的可能是成熟mRNA
我想你关心的是成熟的mRNA吧?

1年前 追问

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guoyinping00 举报

首先非常感谢您的回答,,相必您是高手了,是这样的,我在从近缘种(水稻)中找基因的序列,相对该基因的外显子进行扩增,而数据库中仅有该基因的mRNA序列。。我想知道其内含子序列,以便设计引物,但一直没找到,用blast比对结果仅有部分是同源的,真不知该怎么办了,望高手能解答,,谢谢。。。

举报 sudan8778

我不太理解你的意思,我猜你用5UTR和3UTR的序列设计引物,从近缘种的基因组DNA中扩增出的序列与mRNA序列比较就可以了。
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