下面是某蛋白质的空间结构示意图（图甲，其中的数字为氨基酸序号，虚线表示-S-S-键，它是由两个-SH失去两个H形成的）及

A、分析图甲可知，该蛋白质中含有一条肽链，124个氨基酸，因此肽键数是124-1=123，肽链中的R基之间也产生了一个肽键，因此共有124个肽键，A错误；
B、图甲的形成过程中质量减少124×18+3×2=2238，B正确；
C、分析题图乙可知，②中含有一个氨基，⑥⑧个含有一个羧基，因此该肽链至少含有的游离的羧基和游离的氨基分别为3个和2个，C错误；
D、合成肽链过程是翻译过程，翻译过程的模板是mRNA上的碱基序列，因此直接决定其氨基酸种类和顺序的是mRNA上碱基的排列顺序，D错误．
故选：B．

点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．

考点点评： 对于氨基酸脱水缩合反应过程、转录和翻译过程的综合理解是解题的关键，分析题图获取信息并应用相关信息结合所学知识综合解决问题的能力是本题考查的重点．