为什么分子势能随分子间距离的增加而增加

先举个很简单的例子.地球上 的物体,距离地面越高,重力势能越大(不论0势能面如何选取).其原因就是 物体和地球之间存在吸引力.
扩展一下：相互作用属于吸引力时,两体之间距离越远,势能越大.而当相互作用 属于 排斥力时,两体之间距离越近,势能越大.这个结论,可以通过保守力做功来理解.把相互吸引的物体移开时,位移方向与力方向相反,保守力做负功,势能增加.
分子之间存在相互作用,而且是吸引性质的相互作用（当然是在 分子之间距离不可远小于分子半径尺度的前提下）.所以分子势能随分子间距离的增加而增加.
更深层次的问题是：为什么分子之间的相互作用是吸引性质的相互作用.这种相互作用的本质是什么?这个问题 很难回答.自然界只存在4种相互作用.就本质而言,分子间的相互作用 仍然属于 万有引力和 库仑力范畴.分子之间的电子云也喜欢相互一定程度地重叠,就如同化学键一样.

势能是指物体被抬高而具有的能，所以分子间的势能指的就是分子间的距离

这句话是错的。分子势能并不随分子间距离的增加而增加。