根据探究实验的相关知识，回答下列问题：

（1）探究实验分A、B两组，目的是设置对照试验，对照组的作用是：便于排除因其他因素的存在而影响、干扰实验结果的可能．
（2）清水和模拟酸雨不要没过种子，原因是种子萌发需要呼吸；酸雨是由于人类大量使用煤、石油、天然气等化石燃料，燃烧后产生的硫氧化物或氮氧化物，在大气中经过复杂的化学反应后，形成硫酸或硝酸气溶胶，或为云、雨、雪、雾捕捉吸收，降到地面成为酸．预防酸雨主要是要减少烧煤、石油排放的二氧化硫和汽车排放的氮氧化物．对付酸雨，工厂应采取的措施包括采用烟气脱硫装置等净化装置、提高煤炭燃烧的利用率，减少污染物的排放，并做好回收和利用这些污染物（如二氧化硫）的工作．
净化装置回收和利用．
（3）方案一中A组与B组对照，实验变量是甲状腺激素，A组是实验组，B组是对照组，说明甲状腺激素具有促进蝌蚪发育的作用．
方案二中，甲状腺激素是由甲状腺分泌的，A组蝌蚪虽然破坏了甲状腺，但是补充了由甲状腺分泌的甲状腺激素，因此能正常发育成青蛙．B组是对照组，能正常发育成青蛙．
因此方案一中只有一个变量，可证明甲状腺激素具有促进幼年动物个体发育的作用，是比较合理的方案，而方案二中不具有对比性．
故答案为：（1）设置对照试验；
（2）没过种子；净化装置；回收和利用；
（3）甲状腺激素；方案一；因为方案一中只有一个变量，可证明甲状腺激素具有促进幼年动物个体发育的作用．

点评：
本题考点： 探究酸雨对农作物的生长影响．

考点点评： 解此题的关键是确定、控制实验变量和设置对照实验．