It is not clear __ he did it.

应该选D
如果选which的话,那么你怎么理解呢?
只能把which理解为关系代词,引导限制性定语从句
但这样理解是不对的.因为which,whom,that等引导的定语从句单独拿出来看应该不是一个完整的句子
比如说：
Clock is a kind of instrument which can tell people time.钟是一种能够告诉人们时间的仪器.
把关系代词引导的定语从句单独拿出来看（不包括关系代词）是“can tell people time”
这不是一个完整的句子,主语缺失,其实应该由关系代词which充当
也就是说但凡which,whom ,that等引导的定语从句,关系代词必然要在从句中充当成分
如果选B,那么从句“he did it”是一个主谓宾都齐全的完整的句子,which不充当任何成分,故不是which引导的限制性定语从句,不能选B
这句话实际上完整的说应该是
it is not clear that why he did it
是由that 引导的主语从句,that可以省略.
句中的it是形式主语,代指真正的主语“that why he did it”
之所以不写成“that why he did it is not clear”是为了避免整个句子头重脚轻.

D.why
意思上翻译的通，是不知道他为什么这么做
其他几项无论在意思上，还是在句式上都不同，因为主语已经存在

D
定语从句he did it 已经是成分完整的句子了
不需要用which
如果用which的话 那就是 it is not clear which he did。

从句he did it是一句完整的句子，不缺成分，因此which不可能做关系代词，也就不可能是定语从句
如果这句话可以选which 的话，那么A和C也都可以选了，所以用排除法的话也选D
意思是“他为什么这么做不太清楚”

D, why
不是很清楚他为什么那么做

这是一个定语从句
选D
不清楚他为什么那么做
选B当然不对,翻译不通
不清楚他哪个那么做,可见翻译不通

这是一个状语从句呀
后面的句子是完整的
WHICH引导定语从句，后面的句子不完整的