转录组测序中会有one read pair ,two read pairs .read pair 是什么东西啊?

看你的问题,估计是用illumina的高通量测序,进行RNA-seq的研究吧.
这个问题其实比较简单：
现在的高通量测序,一般分为单端测序（single-end read）和双端测序（paired-end reads）.
单端测序只测模板DNA的一端,一般有36SE、50SE两种.
而双端测序需要讲模板的两端（3‘ 和 5’）都测序,一般有90PE,100PE两种,你提的问题应该是指：read-pair one 和 read-pair tow,是一个模板的两端序列.
注意,paired-end reads中间的是插入片段,并没有进行测序,但是插入片段长度是有意义的.

测序时每次测得高质量片断只有500-600个碱基左右，一次测量称为一个read，将测得的序列进行overlap匹配，称为read pair。