pcr条件设定:我要p一个2000+bp的片段 pcr条件怎样设

pcr条件设定:我要p一个2000+bp的片段 pcr条件怎样设
我的两个引物都是33bp GC含量为43% p过两次 都是引物二聚体
xinerdidi 1年前 已收到3个回答 举报

曹芃 春芽

共回答了19个问题采纳率:94.7% 举报

原因分析:二聚体问题,基本可以确定为引物设计不当——你的引物很长,一般2kb的片段,有22bp的引物就足够了,你这么才长的引物,非常容易形成发夹结构,或者其他互补情况,最后形成二聚体.另外,你的引物CG含量有点低,弄到55%会稳定很多.
解决方法:首先,你应该尝试低温退火+热启动的PCR方法,具体为:首次循环加热到95度后,暂停PCR,开盖,逐个加入PCR酶,然后降低退火温度,可以做一个梯度,每次降低一度试试.如果上述方法不行,你应该重新设计引物,保证16-18个配对碱基的前提下,用软件模拟避免发卡结构和引物互补,保证GC含量在55%左右.
再P不出来,你就查你的目的基因序列去,肯定弄错序列了

1年前

10

逅天 幼苗

共回答了23个问题采纳率:82.6% 举报

标准的PCR反应体系:
10×扩增缓冲液 10ul
4种dNTP混合物 各200umol/L
引物 各10~100pmol
模板DNA 0.1~2ug
Taq DNA聚合酶 2.5u
Mg2+ 1.5mmol/L...

1年前

2

uuhui 幼苗

共回答了17个问题 举报

有引物二聚体是很正常的,在引物长度大于20bp时,Tm:62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃。

1年前

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