豌豆黄色（Y）对绿色.（y）呈显性，圆粒（R）对皱粒（r）呈显性，这两对基因是自由组合的.甲豌豆（YyRr）与乙豌豆杂交

A、甲豌豆（yyRr）×Yyrr→后代表现型有四种，且比例为（3：1）×（1：1）=3：3：1：1，A正确；
B、甲豌豆（YyRr）×YyRR→后代表现型有2种，且比例为（3：1）×1=3：1，B错误；
C、甲豌豆（YyRr）×yyRR→后代表现型有四种，且比例为（1：1）×1=1：1，C错误；
D、甲豌豆（YyRr）×YyRr→后代表现型有四种，且比例为（3：1）×（3：1）=9：3：3：1，D错误．
故选：A．

点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．

考点点评： 本题考查基因自由组合定律及应用，对于此类试题，需要考生掌握基因自由组合定律的实质，学会采用逐对分析法进行分析，首先将自由组合定律问题转化为若干个分离定律问题；其次根据基因的分离定律计算出每一对相对性状所求的比例，最后再相乘．