观察真菌粗糙链孢霉的繁殖，发现通常由单倍体菌丝形成二倍体合子，合子进行一次减数分裂，再进行一次有丝分裂，最终形成8个孢子

A、由于减数分裂后产生了大白、大黑、小白、小黑4种情况，所以合子的基因型应为RrTt，A错误；
B、c是a经有丝分裂而来，表现型也没有改变，所以a、c基因型相同，B正确；
C、b为单倍体，是合子进行一次减数分裂形成的，所以其基因型为RT，C错误；
D、d是由小白有丝分裂形成，但变成了大白，说明在分裂过程中发生了基因突变，D正确．
故选：BD．

点评：
本题考点： 细胞的减数分裂；基因突变的特征．

考点点评： 本题考查有丝分裂、减数分裂、基因自由组合规律和基因突变的相关知识，意在考查学生的识图能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．