如果只有一个钠原子能看到吸收谱线

一个钠原子有一个钠原子的特征吸收，这个是客观存在的，但是“谱线”是你的仪器实际测量的结果。能不能得到一个钠原子的谱线，更多的是基于实验过程的讨论，而不是物理现象的本身。
因此，我不太确定你讨论这样的问题有什么意义。
就你说的情景，做文字上的讨论的话。
钠原子无论在太阳的什么地方，它都会受到太阳光辐射，发生特征吸收。所以，问题是我们能不能采集到这个吸收信号，也就是能不能采集到这一个钠原子的信号。
首先，钠原子不是固定的，如果不加其他限定条件， 理论上它在太阳内各处都有一定的概率出现。假设钠原子在太阳中做完全无规的运动，在太阳各处出现的概率相同。我们的设备可以认为是针对太阳上特定区域采样。如果我们采样的时间是理论上的“瞬间”，那么在这个瞬间，我们的采样空间里可能包含这个钠原子，也可能没有包含到这个钠原子。
但是我们的采样时间并不是瞬间，而是一个时间段。在一定的时间尺度上做平均，这个采样空间内包含的钠原子数量并不是简单的整数，而是总的钠原子数量乘以一个钠原子在这个区域的分布概率。
这个概念有点类似与电子云，即使只有一个电子，它还是以电子云的形式存在。
也就是说，对于宏观上的采样时间来说，我们对太阳上任意一个区域进行采样，都会采集到这个钠原子的信号，只是信号又被“稀释”了若干倍。
剩下的问题就是，我们是否还有可能把这个信号从背景噪音里分离出来。
其实所谓谱线，只是波谱中的暗线，并非是亮度为零的线，只是比与背景值比起来暗一些。谱线只有相对明暗，而并不是非“有”即“无”。在一定的区间上，可以认为暗线与背景相比越暗，对应元素的数量越多。但是，哪怕光路上全是钠原子，也一定还是会有未被吸收的光子，谱线再暗，还是会有光子到达。哪怕只是一个原子的信号，它也是客观存在，但是它使谱线变暗的量，与背景本身的波动比起来，可能已经毫无意义了。