听说先秦古汉语中书面语与口语是一样的,《论语》就是以先秦口语为基础,记录孔子与其弟子言行的一部书,但论语中有许多很难懂,

楼主这个问题提得好有意思.
也许过个几百年,未来的人,看我们现在说的话,会说二十一世纪的人说的话,有很多句子有歧义,有的省略了太多成分,有的又罗里啰嗦,他们平时交流能听得懂吗?
《论语》一书早在春秋后期,孔子设坛讲学时就已经集结完成,经由孔子的弟子和再传弟子的代代传授,并逐渐将传诵的孔子语录言行记录下来.所以,我猜想,在当时,大概和我们的课堂笔记有得一拼吧,
古代记录文字的书写工具还不发达,造纸术到东汉才被发明出来,用竹简书写有很大局限性,大多是能省则省,所以,现在看到的《论语》,与同时期的其他著作比起来,还能这么通俗易懂,实在是不容易.
再者,流传了几千年的古籍,保存到现在,虽然经过多次校勘,大部分保存完整,但依然有很多地方可能出现竹简编次的错位,传抄的失误也是在所难免的.比如 颜渊12.10 中最后一句“诚不以富,亦祗以异”就很难解释是何意,大概是因为竹简编次颠倒造成的文字错乱.
语言本来就是交际工具,在人们使用的过程中不断地发展变化.即使是现代汉语中依然存在着很多有歧义的地方,更不用说古代汉语,但是人们照样用得好好的.每个民族都有使用和热爱本族语言的倾向,汉语尤其如此,在几千年的文明历程中,四大文明古国只有中国的语言文字还如此代代相传,保持着不朽的生命力.

楼主可不能拿现代的眼光来看待古代人啊。
其实换个角度，我们现在这么说话，换了孔子穿越过来他也听不懂。这就像对于没有学过日语的人而言，日本人的话自然也就完全不懂。上古汉语是一种和现代汉语有着很大渊源而又有极大差异的语言，对于当时的人而言毫无交流的阻碍，但是对于我们而言则晦涩难懂。从认知的难度上说，将其说成是一门外语恐怕也不为过。再举一例，广东人说的粤语，对于黑龙江的老东北无异于天书奇谭，可是...

上古汉语与藏语相似