RT-PCR模板选择问题.我是准备设计简并引物扩增一个鱼类的未知基因的保守区.一些文献上是提取脑部总RNA,然后反转录得

RT-PCR模板选择问题.
我是准备设计简并引物扩增一个鱼类的未知基因的保守区.一些文献上是提取脑部总RNA,然后反转录得到第一链CDNA,然后用这CDNA做模板扩增保守区.但是我老师的想法是直接提取DNA,然后用DNA做模板来扩增保守区.请问有经验的同学老师,那种方法好点?各自的有缺点是什么?请不吝赐教.

似水流云2 1年前已收到1个回答举报

jingshuai 幼苗

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你用直接提取的dna做模板pcr出来的是他的基因组序列包括了内含子的但是用总RNA反转录出来的cdna pcr出来的只有外显子是经过了转录后剪切的
主要是看你要用来干什么如果是要过表达最好是用总RNA 反转出来的cdna做模板

1年前追问

似水流云2 举报

恩，说得对。我设计简并引物的时候用的是CDS序列多序列比对设计的简并引物。这样子用DNA做模板的话会不会P不出结果呢？还是提RNA效果好一点是吗？我是想做表达，但拿到保守区后还得3'race,5'race.不知道能走多远。唉！

举报 jingshuai

有可能P不出东西你拿引物去blast基因组的数据库里面比对下看看为啥要做race 做表达只要包含了起始密码子到终止密码子的部分就可以了 UTR部分不需要

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你能帮帮他们吗

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