100402（zhang）:this was the first discovery of a center of mo

否定句中如果有 always,often,all,both 一类的总括性词,这个句子就属于属于部分否定,如：
He didn't always visit his grandparents.意思是“他不总探望祖父母”,而不是“他总不探望祖父母”；
All that glitters is not gold.“闪闪发光的不都是黄金”,而不是“闪闪发光的都不是黄金”.
对于其他副词,则需要看在句子中是否要加重语气读.若强调,就是否定该副词；否则,则否定动词,如本句：
读作 not APPARENTLY centered on the earth.意思就是“不是显然地以地球为中心”.说的是本来是以地球为中心,但是却不明显.
读作 not apparently CENTERED on the earth.意思就是“显然不是以地球为中心”.指的是根本就不以地球为中心.
从整个句子来看,应该是后者,不应该是否定副词 apparently

not centered on the earth apparently
这样理解更合适吧？

句中not与apparently做副词短语一同修饰centered on the earth，同时not apparently centered on the earth修饰前面的motion。
原句直译为：
这是明显不以地球为中心的运动中心的首次发现。
按照中文的逻辑习惯应将句子意译为：
这是首次发现明显不以地球为中心的运动中心。...