He picked up the apples ,_ _ were badly bruised .

很明显,你是懂得这个句子的意思的,它说：他捡起了苹果,其中有些被磕青了.
你的问题在于为什么C的意思对,但不是正确答案.
原因在于C是有语法问题的,在英语语法中,我们称这种句子为混联句,就是说一个句子里有两套主谓宾.而这个句子如果选择C,那么就有两套主谓宾了：
1）He(主语) picked（谓语） up（介词,不作句子主要成分,可与谓语动词语一同看作谓语成分） the apples（宾语）.
2) Some of those（主语,别忘了,these、those这类指示性代词是可以作主语的） were badly bruised .（谓语,这是一个长谓语,因为是被动,所以没有宾语）
因此,C答案在根本上是有错误的.

有逗号，后边部分是前边的非限制性定语从句，所以用which不用those

He ate up the rest of the apples. the rest of

D
因为逗号不能连接两句完整的话。Some of those were badly bruised.是一句完整的话。
只有用some of which，才能使后面一句成为从句，介定the apples

因为whose用法和形容词一样,后面要接一个名词才完整..