what are you doing here?

第一人称I,you ,he / she都是做主语的,所以这里的you是主语;
系动词Be (am,is,are) 的功能主要是把表语（名词、形容词、某些副词、非谓词、介词短语、从句）和它的主语联系在一起,说明主语的属性、特征或状态.它有自己的但不完全的词义,不能在句中独立作谓语,必须和后面的表语一起构成句子的谓语.
谓语一般都是由动词但当,所以这里doing是谓语
句子中的here是状语
你问'那么这个句子的what 和 are 是什么形式的存在呢?'
What 是疑问词啊,are是系动词,这种简单的句子不要抠的太细,英语语法最忌讳的就是像汉语一样什么都要分清主谓宾定状补.尤其是英文口语,意思了解了即可,没有特别的规则.
'你干什么呢在这儿?/ 你在这儿干什么呢?/ 干什么呢,你在这儿?' 这都是中文的表述,中文的语法要比英文的难多了,英文的很简单,不用那么纠结.
祝好运!

我觉得是这样的I am doing sth 是回答 你说的句子是主谓结构you是主语
be doing 是系表结构做谓语是进行时here是状语what 是疑问词

英语要这么学,何时才能学好!

不是 是主谓结构
you是主语
doing是谓语
here是状语

第一人称I, you ,he / she都是做主语的,所以这里的you是主语;
系动词Be (am, is, are) 的功能主要是把表语（名词、形容词、某些副词、非谓词、介词短语、从句）和它的主语联系在一起，说明主语的属性、特征或状态。它有自己的但不完全的词义，不能在句中独立作谓语，必须和后面的表语一起构成句子的谓语。
谓语一般都是由动词但当,所以这里doing是谓语
句...

不对，应该是S+V+O的句型