be动词某些特殊情况的用法比如：那些女孩是我的姐妹汤姆和安娜是我的朋友(而且我很疑惑要不要加S，有些翻译加S（百度翻译）

这是There is...句型的就近特性,即在系动词is后接单个物品,后面可以跟多个物品.
其它绝大多数情况都是按照主谓一致的规则来判断be的单复数.如：All of us have a same hobby.我们都有一个共同的爱好.这里不管宾语是单数还是复数,主语是复数就用复数.
再如：He has two apples.也是一样的道理.
像你说的前两种情况,都应该是复数形式.
另外在这里再提一下BE动词的另外一种句型,就是be+do省略to的句型：
作表语的动词不定式通常要带to,但如果主语部分有（或者能使人体会到有）行为动词do（或does,did,to do,doing,done等）,则不定式符号to可以省略.例如：
The first thing she did was go up to her trainer and thank her for all her help during her training.她做的第一件事就是走到教练面前,感谢教练在训练期间给予她的帮助.
What I want to do is have a good rest.

1. “there be +并列名词”和“here be +并列名词”中的be动词的单复数，由第一个名词的单复数来决定 例如There is a dog and two cats in the room.中be动词的单复数就应该根...

第三人称is，过去式，was were现在进行时be+v-ing