如何在NCBI上寻找要扩增的序列?

如何在NCBI上寻找要扩增的序列?
我要用PRIMER 设计引物.位点是CYP2C19*2,是一个SNP的位点.我在NCBI里查到了这个基因的信息.现在我有3个问题如下：1.引物设计的对象是FASTA中的序列还是GENEBANK中的序列?据说这两个一个是模板链,一个是非模板链.2.该SNP是G 683 A...请问683是怎么数的?3.设计引物的时候是从SNP上下选取多少bp的碱基合适?100?还是500?
亚洲rxlml 1年前 已收到2个回答 举报
赞

雨中的蜻蜓 幼苗

共回答了11个问题采纳率：100% 举报

博凌科为-为你回答之前,提醒你注意一个问题,那就是先要搞清楚gene的大致概念.一般而言,一个完整gene是有起始密码子和终止密码信息的,还有各种已知的其他预示结构,所以1.不管哪个序列,你能找到起始密码子及终止密码子,就是这条序列了.2.从这个gene的起始位置算喽3.选取的位置,没有绝对规矩.一方面取决上下游位置的保守情况,越保守越好,还取决pcr和测序情况,你擅长测2,300bp的序列呢,还是500以上的bp呢?回答完毕,得奖励楼!

1年前

8

xuehai88 幼苗

共回答了3个问题 举报

Q1: FASTA 和Genbank是格式的不同，序列是完全一致的。无论哪一个都是非模板链。
Q2: 不知道你的683是从哪里查到的，似乎应该是681。给你一个网址参考一下。 http://www.cypalleles.ki.se/cyp2c19.htm
根据作者收集的蛋白质序列变化信息，记数位点1是转录(CDS序列)ATG的A, 注意一般没有0位点，5‘端从-1开始编码
...

1年前

0
可能相似的问题

你能帮帮他们吗

精彩回答

Copyright © 2024 YULUCN.COM - 雨露学习互助 - 17 q. 0.024 s. - webmaster@yulucn.com