He looks as if he ( ) ill for a long time

首先,look as if的意思是“看起来像是”,“似乎好象是...",只是一种猜测,与事实并不完全一致,所以是虚拟语气的一种表达.
其次,在虚拟语气中,时态一般使用与事实相对应的"过去的时态",就是:假如句子表达的意思本来应该是将来时,在虚拟语气的情况下就要用过去将来时;本来句子表达的意思应该是一般现在时,在虚拟语气中要用一般过去时;假如句子本来的意思是现在完成时,在虚拟语气中则应用过去完成时.
所以,由于这个题目的谓语是"looks as if",也就让句子处在虚拟的条件中,因此,根据时间状语"for a long time",本来在一般的情况下应该是用现在完成时的,在虚拟的情况下,与之对应的过去的时态则为过去完成时,所以选had been.

因为是虚拟语气啊,所以要用过去完成时,for a long time指的是ill,而不是looks

是用的虚拟语气，他并不是真的病了很久，而是“看起来好象”，所以用过去完成式。

表示在过去一段时间内他已经生病很长时间了