DNA跑琼脂糖电泳,为什么第一次跑和第二次跑的结果不一样?

DNA跑琼脂糖电泳,为什么第一次跑和第二次跑的结果不一样?
给细胞加药后DNA会断裂成片段,将正常细胞和加药细胞提出DNA后跑电泳,理论结果是加药DNA跑电泳会有明显拖尾,正常DNA只有15000的一个清晰条带.我将两种细胞提出DNA后跑电泳,第一次跑出来的结果和理论结果一致,样品我没有扔,继续跑第二次电泳,但结果就很混乱：加药DNA不拖尾；正常DNA反而有一点拖尾,不过不明显；而且第二次电泳条带没有第一次的亮.我又跑了第三次电泳,结果和第二次一样.于是我又重复提DNA,后来跑的电泳和原来的一样,第一次跑出来的结果和理论结果一致,第二、第三次的就不是理论值了,但第二和第三次跑的结果是一样的.
我确实是反复冻融DNA,我一直以为是DNA在TE里没有混合均匀呢~电泳前我会解冻DNA,期间大概一个小时DNA是暴露在室温中的,跑完电泳我就把它冻起来了,然后又解冻~DNA真的是被降解了吗?我回去试试您的方法吧~
还想问个问题,怎样才能把DNA提得纯一点呢?我提的是HePG-2细胞~教我教我~