为了研究光合作用，生物小组的同学把菠菜叶磨碎，分离出细胞质基质和全部叶绿体.然后又把部分叶绿体磨碎分离出叶绿素和叶绿体基

A、细胞质中不能发生光合作用过程，A错误；
B、光合作用的光反应发生在叶绿体的类囊体薄膜上，这是由于在类囊体薄膜上含有色素和相应的酶，因此在B试管的叶绿体中可检测到光合作用的光反应过程，B正确；
C、叶绿体基质是光合作用暗反应的场所，不能发生光反应，C错误；
D、D试管中随含有叶绿素，虽能够吸收光能，但是可能由于缺少光反应所需要的酶和ADP、Pi等物质，因此光能的转化也无法持续进行，D错误．
故选：B．

点评：
本题考点： 叶绿体结构及色素的分布和作用；光反应、暗反应过程的能量变化和物质变化．

考点点评： 本题考查了光合作用的过程、场所及条件等相关知识，意在考查考生的识记能力、分析能力，难度不大．