质粒酶切后,目的片段DNA是小片段,琼脂糖电泳图目的条带太暗,怎么增加亮度?

你没怎么说清楚.首先,是大片段和小片段（目的条带）都暗,还是只有小片段暗?如果都很暗,可能是酶切体系中的质粒加的不够多,或者是你提取的质粒浓度不高.如果是只有小片段很暗,那就说明内切酶没把质粒切开,你要注意一下内切酶的活性或浓度、温度、离子等对酶活是否有影响.
1、3ul的质粒感觉有点少,你是割胶回收的吗?那质粒量要多加,因为回收会损失片段的.
2、有质粒的存在就是说明还没切开.你的酶有问题吗?酶切体系的buffer浓度、温度什么的对不?酶切多少时间?另外,还要看你选择的酶切位点好不好切啦,有些酶切位点很难切开的.