在“探究水分对种子萌发的影响”时，A、B两组同学分别进行了实验设计，主要实验设计如图所示：

（1）“探究水分对种子萌发的影响”，就要设置对照实验，实验组与对照组水分的量不同，实验组种子干燥，对照组水分适量，适于种子的萌发；其余条件实验组与对照组完全相同，且适于种子的萌发．因此，实验组和对照组的变量就是水．
（2）A组两个烧杯内的种子数量不同，一个缺水、一个水分适量；这样两个烧杯作为对照实验就出现了两个变量，不符合对照实验变量唯一的原则，设计不合理．B组只有一组，缺乏对照组，其实验结果不能说明水分对种子的萌发是否有影响，这也不符合对照实验的原则，设计也不合理．
故答案为：
（1）水
（2）A组：不科学，理由是两个装置中种子的数量不相等，出现了两个变量
B组：不科学，理由是没有设置对照组

点评：
本题考点： 探究种子萌发的条件．

考点点评： 对照实验必须具有实验组和对照组，二者只能存在一个变量．